El gobierno y administración de la Asociación están a cargo de dos órganos colegiados: la Asamblea General y la Junta Directiva.
El órgano supremo de Gizarterako es la Asamblea General integrada por la totalidad de los socios/as y supone el lugar de expresión de la voluntad de los mismos.
Entre sus facultades se encuentran: aprobar el Plan General de actuación de la asociación, el examen y aprobación de las cuentas anuales y del presupuesto del ejercicio siguiente, aprobar la gestión de la Junta Directiva, la modificación de los estatutos así como la disolución de la propia asociación.
El órgano de dirección permanente es la Junta directiva y como tal gestiona y representa los intereses de la asociación de acuerdo con las disposiciones y directivas de la Asamblea General. Solo los asociados podrán formar parte de ella. Actualmente se encuentra compuesta por los siguientes miembros:
- Presidente: Edurne Calvo Del Pozo
- Secretaria: Cristina Victoria Otero Pérez
- Tesorera: Hermenegildo Rosado
- Vocales: Ana María Landera Fernández, Felisa Ortiz de Zárate Martínez de Osaba, Sandra Camarena Casado, Mikel Garrido Saenz de Villaverde
Gizarterako cuenta además con Voluntarios para la realización de labores diversas que se presentan vitales en el correcto funcionamiento de la asociación. Pueden llevar a cabo diferentes labores: trabajo de despacho relacionado con labores administrativas, de gestión y coordinación; trabajo de campo que se realiza a pie de calle y que supone el contacto inicial para el reconocimiento de necesidades y preocupaciones básicas; y otras labores específicas que requiera el normal funcionamiento de la asociación.
Por último, y con el fin de llevar a cabo los fines propuestos en los estatutos de la Asociación y desarrollar una atención profesional y especializada, Gizarterako cuenta con personal experto y capacitado que se encarga del trabajo individual (ayuda personalizada) y grupal (talleres que promueven la formación y empoderamiento de las mujeres que se acercan a la asociación).